2 октября 1768 года Екатерина Вторая направила в Сенат указ, в котором очень подробно описала как наложенное на Салтыкову наказание, так и порядок его отправления.

Салтыкова Дарья Николаевна была осуждена:

1.к лишению дворянского звания;
2.пожизненному запрету именоваться родом отца или мужа (запрещалось указывать свое дворянское происхождение и родственные связи с иными дворянскими фамилиями);
3.отбыванию в течение часа особого «поносительного зрелища», в ходе которого осужденной надлежало простоять на эшафоте прикованной к столбу с надписью над головой «мучительница и душегубица»;
4.к пожизненному заключению в подземной тюрьме без света и человеческого общения (свет дозволялся только во время приёма пищи, а разговор — только с начальником караула и женщиной-монахиней).
Помимо этого, Императрица своим указом от 2 октября 1768 года постановила вернуть двум сыновьям всё имущество матери, до той поры находившееся в опекунском управлении. Также указывалось предать наказанию ссылкой на каторжные работы сообщников Дарьи Салтыковой (священника села Троицкого Степана Петрова, одного из «гайдуков» и конюха помещицы).

Наказание осуждённой «Дарьи Николаевой дочери» было исполнено 17 октября 1768 года на Красной площади в Москве. В монастыре, куда прибыла осуждённая после наказания на Красной площади, для неё была приготовлена особая камера, названная «покаянной». Высота отрытого в грунте помещения на превышала трёх аршин (то есть 2,1 метра), оно полностью находилось ниже поверхности земли, что исключало всякую возможность попадания внутрь дневного света. Узница содержалась в полной темноте, лишь на время приёма пищи ей передавался свечной огарок. Салтычихе не дозволялись прогулки, ей было запрещено получать и передавать корреспонденцию. По крупным церковным праздникам её выводили из её тюрьмы и отводили к небольшому окошку в стене храма, через которое она могла прослушать литургию. Жёсткий режим содержания продлился 11 лет, после чего был ослаблен: осуждённая была переведена в каменную пристройку к храму с окном. Посетителям храма было дозволено смотреть в окно и даже разговаривать с узницей. После смерти заключённой её камера была приспособлена под ризницу. Провела в тюрьме тридцать три года и умерла 27 ноября 1801 года.